Trải qua quá trình phát triển, thời gian phát sóng của VTV6 đã tăng dần theo lộ trình như sau:

- 29/04/2007 - 10/2010: 12h00 - 24h00
- 11/2010 - 2012: 06h00 - 24h00
- 2013 - nay: 24/24h

Và sau đây là các chương trình được phát sóng trên kênh VTV6:

- Các chương trình truyền hình thực tế: Sinh ra từ làng (18h00 T4 hàng tuần), Siêu thủ lĩnh, Ngược chiều, Sống khác, Cầu vồng, Tuổi 20 hát...
- Các chương trình chính luận dành cho thanh thiếu niên: 60 phút mở, Tôi lên tiếng
- Bữa trưa vui vẻ (Trực tiếp 12h hàng ngày, từ 01/01/2014)
- Dòng thời cuộc (trước là Lăng kính V6; Thư Viện Cuộc Sống) (Trực tiếp 18h30 hàng ngày)
- Hôm nay ai đến (22h30 các ngày thứ 3, 4, 5, 6 hàng tuần)
- Dải giờ phim Việt Nam (13h30 hàng ngày - phát lại phim trên VTV3 và VTV4, 21h00 T2 đến T6)
- Dải giờ phim nước ngoài (19h00 hàng ngày)
- Dải giờ Truyền hình giải trí thực tế (19h55 hàng ngày, hiện tại đang ngừng phát): Những bài hát còn xanh, Hoa khôi áo dài Việt Nam - Đường tới vương miện Hoa hậu Thế giới, Biệt đội phong cách, Học viện danh hài
- The Amazing Race Vietnam: Cuộc đua kỳ thú
- Dải giờ chương trình thiếu nhi: Caro và Chấm Bi, Thành phố đảo ngược, Vươn cao V-Star
- Dải giờ Studio V6: Ghế không tựa, Xưởng thời trang
- Chương trình ca nhạc: Bảng xếp hạng âm nhạc Hàn Quốc - M! Countdown
- Các chương trình truyền hình trực tiếp sự kiện văn hóa, giải trí thường niên: Mnet Asian Music Awards (MAMA), Hoa hậu hoàn vũ thế giới, Hoa hậu Thế giới
- Khám phá Việt Nam
- Khám phá thế giới (phát lại từ VTV2)
- Dải giờ thể thao (các khung giờ 07h00 - 08h30, 13h00 - 13h30, 17h00 - 17h30, 23h30 - 01h00): Các trận đấu của Giải bóng đá Vô địch Quốc gia V-League vào mỗi chiều thứ 7 và chủ nhật hàng tuần. Các chương trình như Tổng hợp UEFA Champions League, Europa League vào sáng T5 và T7 hàng tuần (Các chương trình tổng hợp này đang tạm thời ngừng phát sóng vì lý do bản quyền của VTVCab).
- 360 độ thể thao (Trực tiếp 22h00 mỗi ngày từ 05/10/2015) (chuyển từ kênh VTV3).
- Phim thiếu nhi (06h00, 17h30 hàng ngày)
- Tòa tuyên án
- Chuyến xe khởi nghiệp (Trước đây là Sáng tạo khởi nghiệp)
- Cháu ơi, cháu à (cùng phát với VTV3)
- Cư dân thông thái (cùng phát với VTV3)
- Sao mai điểm hẹn
- Muôn màu Showbiz (cùng phát với VTV3, VTV9)